Theo Thanh tra Chính phủ, năm 2004 Thủ tướng giao Tổng công ty Sông Đà làm chủ đầu tư thực hiện dự án khu đô thị mới Nam An Khánh. Đến năm 2006, hội đồng quản trị Tổng công ty Sông Đà có nghị quyết phê duyệt hợp đồng chuyển nhượng dự án cho Sudico với giá 155 tỉ đồng nhưng không có hạ tầng, không có văn bản báo cáo các cơ quan liên quan và phê duyệt của Thủ tướng. Thanh tra Chính phủ xác định việc chuyển nhượng dự án này vi phạm các quy định của Chính phủ, trái ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng và tờ trình của Bộ Xây dựng.

Liên quan đến các sai phạm tại Sudico, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự quản lý kinh tế và chức vụ Bộ Công an đã vào cuộc điều tra việc triển khai thực hiện dự án khu đô thị Mễ Trì, dự án khu đô thị Nam An Khánh và sử dụng công quỹ để đầu tư chứng khoán thu lợi cá nhân của ông Phan Ngọc Diệp - chủ tịch hội đồng quản trị Sudico.

Cơ quan điều tra yêu cầu công ty cung cấp các tài liệu liên quan đến nghiệm thu hạ tầng dự án Nam An Khánh, tài liệu về tư cách pháp nhân và năng lực của nhà đầu tư cấp 2 khu đô thị Nam An Khánh cũng như các hợp đồng, văn bản phê duyệt của công ty. Đối với dự án khu đô thị Mễ Trì, Mỹ Đình, cơ quan điều tra yêu cầu cung cấp danh sách khách hàng, hợp đồng mua nhà, đất liền kề hai dự án này. Cơ quan điều tra cũng yêu cầu cung cấp các tài liệu về chủ trương, thực hiện đầu tư tài chính, chứng khoán ra bên ngoài của công ty này trong năm 2006-2008...

Ngoài ra, Tập đoàn Sông Đà đang xem xét trách nhiệm của ông Phan Ngọc Diệp trong việc quyết định miễn nhiệm chức vụ tổng giám đốc của ông Vi Việt Dũng là đại diện phần vốn của tập đoàn và bổ nhiệm người khác thay thế không đúng trình tự thủ tục, quy định của pháp luật.